Yên Vĩ nằm ở phía Tây Bắc huyện Yên Phong tỉnh Bắc Ninh. Phía Đông giáp với thôn Trác Bút của thị trấn Chờ. Phía Đông Nam giáp với 2 thôn là thôn Yên Hậu và thôn Cầu Gạo xã Yên Phụ. Phía Bắc giáp xã Tam Giang và sông Cầu. Phía Tây giáp với sông Cà Lồ và xã Kim Lũ huyện Sóc Sơn .
